Run GPSW with test data#

First activate the GPSW Conda environment:

$ conda activate gpsw

Download workflow code and small test data set:

$ cd /path/to/test/dir
$ gpsw fetch --test-data

This will download the workflow code, configuration files and test data, and should look as follows:

Directory structure
.
├── config
│   └── config.yml
├── reads
│   ├── Control_1.fastq.gz
│   ├── Control_2.fastq.gz
│   ├── Control_3.fastq.gz
│   ├── Control_4.fastq.gz
│   ├── Control_5.fastq.gz
│   ├── Control_6.fastq.gz
│   ├── Test_1.fastq.gz
│   ├── Test_2.fastq.gz
│   ├── Test_3.fastq.gz
│   ├── Test_4.fastq.gz
│   ├── Test_5.fastq.gz
│   └── Test_6.fastq.gz
├── resources
│   └── orfs.csv
└── workflow
   ├── envs
   │   └── stats.yaml
   ├── report
   │   ├── alignment-rates.rst
   │   ├── barcoderank.rst
   │   ├── drugz.rst
   │   ├── lfc_neg.rst
   │   ├── lfc_pos.rst
   │   ├── missed-barcodes.rst
   │   ├── multiqc.rst
   │   ├── pca.rst
   │   └── plot-coverage.rst
   ├── rules
   │   ├── count.smk
   │   ├── qc.smk
   │   └── stats.smk
   ├── schemas
   │   └── config.schema.yaml
   ├── scripts
   │   ├── calculate_proportion_of_reads_in_bins.py
   │   ├── calculate_psi.py
   │   ├── count_barcodes.sh
   │   ├── create_count_table.py
   │   ├── csv_to_fasta.py
   │   ├── general_functions.smk
   │   ├── plot_alignment_rate.R
   │   ├── plot_barcode_multi_conditions_profiles.R
   │   ├── plot_barcode_profiles.R
   │   ├── plot_barcoderank.R
   │   ├── plot_coverage.R
   │   ├── plot_dotplot.R
   │   ├── plot_lfc.R
   │   ├── plot_missed_barcodes.R
   │   ├── plot_pca.R
   │   └── rename_to_barcode.py
   └── Snakefile

10 directories, 45 files

To start the workflow on the test data:

$ cd /path/to/test/dir
$ gpsw run --profile $HOME/.config/snakemake/standard/

Note

The --profile argument will only have to be provided on the first run of GPSW, as it will create a config file (~/.gpsw/config.ini) that will store the profile path. To run GPSW without a profile use --profile None.

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